多數(shù)情況下，無土栽培設施在運行之初，基本不會發(fā)生病蟲害，而當隨著栽培使用時間的延長，不知不覺中，病蟲害就發(fā)生了。無土栽培如果不注重環(huán)境保潔和規(guī)范操作，可能一開始就會遭到污染。從異地（主要是蔬菜產(chǎn)區(qū)）調(diào)進蔬菜苗，不小心就把產(chǎn)地或在運輸途中把異地病蟲害帶進了你新建的溫室和栽培系統(tǒng)，造成初次侵染。
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1、如果本來就在一個老溫室環(huán)境下改造建起無土栽培系統(tǒng)，那風險就自然存在了。因為這一環(huán)境的土壤和室外地表及空氣環(huán)境，充滿了病菌孢子，在溫室設施表面的每一處縫隙中，也都隱藏有各種病菌和昆蟲。所以，在改造做無土栽培之前，必須充分考慮到這些外界因素對無土栽培的危害風險，必須糾正自己的片面認識，不要認為采用了無土栽培技術，你的蔬菜作物就高枕無憂了。
2、必須綜合治理溫室內(nèi)外的環(huán)境，溫室內(nèi)外地表嚴禁裸露堆放各種作物的枝蔓、爛葉、病蟲果實，必須集中發(fā)酵處理或焚燒。
3、對地表土壤應進行封閉隔離，室外不栽培的區(qū)域可以種植非蔬菜作物覆蓋地表或覆蓋園藝地布來封閉土壤表面，防止大風起塵土將病菌、小型昆蟲也吹進溫室內(nèi)的栽培系統(tǒng)。溫室環(huán)境在栽培前應進行高劑量（常規(guī)有作物時的1倍以上）藥物熏蒸消毒，把所有溫室設施表面的病菌、小型昆蟲徹底消滅。在溫室的出入口、通風口，都應考慮設置緩沖與過濾裝置，隔離病蟲害的入侵通道，在一定程度上可以延緩和減輕病蟲害的發(fā)生，降低無土栽培的技術風險。
4、室內(nèi)地面除了要嚴格隔離土壤以外，主要操作道、人行道可以考慮硬化或半硬化處理，在打掃衛(wèi)生過程中，既不可在地面干燥情況下打掃，也不可在地表有積水的情況下打掃，要十分留意在搞衛(wèi)生的過程中，一是由于塵土飛揚而將地表病蟲隨塵土帶入栽培系統(tǒng)；二是因污水飛濺而將病蟲濺入栽培系統(tǒng)。